Un morphogène est un gène qui code une protéine dont la fonction est de produire un gradient de concentration d'une molécule précise. Cette concentration ayant pour rôle de donner une information de position et d'induire différent type cellulaire selon celle-ci ; cela peut être mis en jeu dans la formation d'axe et de polarité.
Exemple d'une morphogène : le gène Bicoïde est un facteur de transcription qui active la transcription du gène Hunschback en région antérieur d'un œuf de drosophile. Le gène Nanos inhibe la traduction de l'ARNm Hunschback dans la partie postérieur de l'oeuf. Il n'y a donc pas de protéine hunschback en région postérieur. Il en résultat un fort gradient de concentration entre la région antérieur et postérieur de l'œuf de drosophile grâce à ces morphène.
Un surplus de bicoïde en région antérieur fait que la larve de la drosophile aura une tête surdimensionné. L'absence de bicoïde en région antérieur induira une larve sans tête.
